故事以二部共五章（终章分两段）及一段插叙内容组成，在前篇《ef - the first tale.》以广野纮、宫村宫子、新藤景及堤京介为中心的故事（以两个章节构成），后篇《ef - the latter tale.》以新藤千寻、麻生莲治、羽山瑞希、久濑修一、火村夕及雨宫优子为中心的故事（以三个章节及一段插叙内容构成）。

　　ef - the first tale

　　序章

　　圣诞节，雨宫优子与火村夕两人在教会里重逢。两人怀缅过去，由优子开始诉说过去一年所发生过的种种事情。

　　第一章 宫村宫子

　　广野纮是个高中生兼少女漫画家，每一天度过忙碌的生活。在圣诞节的夜晚，遇到追逐小偷的宫子。两人再次在学校见面后，宫子对纮开始产生兴趣，而开始纠缠在纮身边。身为青梅竹马的景看到这种场景而感到焦虑。纮在繁重的工作与学业之间，宫子与景之间，应该如何缺择？

　　第二章 新藤景

　　第一章的几个月后的夏天。喜欢电影制作的堤京介，在体育馆看到新藤景的射篮的动作时，想要拍摄以她为主的电影。因为失恋与郁闷而退出社团的景，受到热爱电影的京介的影响，慢慢走出阴霾。对纮还剩下好意的景，以及明知道对方仍喜欢著纮但却渐渐喜欢上景的京介，这二人到底会……

　　ef - the latter tale

　　幕间

　　紧接着the first tale. 的尾声，雨宫优子叙述了她的故事后，火村夕也把他过去一年的经历与及会过来这间教会的原因细细道出。

　　第三章 新藤千寻

　　爱好阅读并有志于从事写作的少年麻生莲治，每天放学后都会在无人的车站度过属于自己的时间。而突然有一天，车站里坐着一位少女——新藤千寻，与其相识并成为朋友。在两人的距离逐渐缩短的同时，莲治也知道了千寻患有记忆障碍的事实。自己对千寻的感情与日俱憎，但千寻对自己的感情却始终停留在初相识的阶段，莲治渐渐充满迷茫，而千寻也明白自己与其他人有所接触的话只会彷害对方的未来，于是……

　　第四章 羽山瑞希

　　莲治的表妹羽山瑞希来到莲治的家中度过暑假，莲治的母亲堇因为某些原因在白天时把瑞希交给隔壁的小提琴手久濑修一照顾。他们本应按捺不住亲近彼此的愿望，但久濑却有一个秘密，使他不能接纳瑞希的好意……

　　插叙 雨宫优子、火村夕

　　火村夕回忆起自己的高二的暑假：与雨宫优子在学校天台重逢，优子主动接近使他回忆起儿时对他的妹妹的痛苦回忆。火村夕得知了优子的伤痛，治愈了自己对妹妹回忆的伤痛并解救了优子，两人共同幸福生活，虽然生活有点辛苦。优子怀孕了，同时也认识了孤儿院的小孩未来。圣诞节就快来临了，天意作弄人，优子在等待夕的时候遭遇车祸，只留下火村夕一人悲伤。

　　终章（上） 羽山瑞希、久濑修一

　　羽山瑞希最终采用当时久濑修一的“算清账目”方法，说服了久濑修一与自己在一起，火村夕也因为得知了优子的消息回到了本国“音羽”，其余当时在澳大利亚“音羽”的人在教会中快乐的过着“夏天的圣诞节”

　　终章（下） 雨宫优子、火村夕（movie）

　　火村夕对雨宫优子说出了曾经没有说出的话，给了雨宫优子曾经没有给的圣诞礼物，最终双方含泪离开……

　　注：

　　the latter tale.的登场人物和the first tale.有密切关系，而the latter tale.的故事风格与the first tale.爱情小品式的剧情有所不同，剧情充满著悲伤、哀愁和无奈。

　　在the latter tale. 中的场景则和the first tale.几乎相同，但两作的人物几乎没有通过直接见面的方式，而是以电子邮件等方式交流，使玩家往往误认为这是发生在两个互相连通的平行宇宙中的故事，而结局却表明了the latter tale.中的音羽城是由火村夕参与设计建造，坐落于与原来音羽城经纬度基本相同而处于南半球（设定为澳大利亚的音羽）地点，并且完全仿造日本的音羽城样式建造的景观城市。