根据人气游戏改编的动画口袋妖怪BW,《神奇宝贝第二季》在新的冒险舞台迎来了新展开『神奇宝贝 best wishes!2』。宠物小精灵BW第二季全集中小智和皮卡丘来到新的冒険之地—名为イーストイッシュ的地方,与神奥地区的冠军竹兰再度相遇的小智等人,与竹兰一起在合众地区东侧“东·合众(East·Isshu)”旅行。在那里,有快龙,里奥鲁,伊布等PM,合众地区以外的各种各样的精灵,以及和小智在神奥地区冒险的同伴,小光和波加曼的身影。然后,竟然!幻之PM·旋律仙子成了小智他们的同伴开始了冒险。而且,获得优胜就可以挑战合众地方冠军·阿戴克的对战大会,“PM世界锦标赛”也开幕了。当然,小智等人和竹兰及四天王的嘉德丽雅(BW超能系天王)会参加。另外,还有小智的新劲敌登场,坂木老大的火箭队史上最大作战也会拉开序幕等丰富内容